Pháo đài Punakha có lịch sử lâu đời thứ hai ở Bhutan. Đây đã từng là trung tâm chính trị của chính quyền Bhutan cho đến khi Thimphu trờ thành thủ đô của Bhutan vào giữa những năm 1950. Punakha Dzong được coi là pháo đài đẹp và đồ sộ nhất trong các dzong ở Bhutan, đặc biệt là vào mùa xuân khi hoa tử đinh hương jacaranda nở rộ sắc tím đem lại vẻ đẹp đầy sức sống cho những bức tường được sơn trắng cao chót vót của dzong. Cùng với sắc vàng, đỏ, đen của các công trình khắc gỗ của dzong đã khiến Pháo đài trở thảnh một bức tranh kiến trúc tuyệt đẹp giữa núi rừng bao la.
Tương truyền rằng, xưa kia đạo sư Liên Hoa Sinh đã tiên đoán việc xây dựng công trình Punakha Dzong. Ngài đã từng tiên tri rằng “một người đàn ông tên Namgyal sẽ đặt chân len ngọn đồi hình con voi ” Sự thật là vào một ngày Zhabdrung Ngawang Namgyal – người đặt nền móng cho việc xây dựng Punkha Dzong đã đến thăm Punakha và ông đã chọn đỉnh của thân “con voi” đang ngủ tức hợp lưu sông Mo Chhu và sông Pho Chhu để làm nơi xây dựng một pháo đài.
Sau khi nảy ra ý tưởng, Zhabdrung đã quyết định xây dựng một tòa nhà nhỏ gọi là Dzong Chug (pháo đài nhỏ) để làm nơi đặt một bức tượng phật vào khoảng đầu năm 1326. Zhabdrung đã thiết lập một giáo hội phật đường ở đây với 600 tu sĩ đến từ Cheri Goemba, thung lũng Thimphu. Pháo đài còn là nơi ngự giá vào mùa đông của các ni sư của ni viện dratshang.
Mãi cho tới năm 1637, công trình Phunakha có quy mô như ngày nay mới được bắt đầu khởi công và được hoàn thành vào những năm sau đó. Pháo đài khi hoàn thành được đặt tên là Pungthang Dechen Phodrang (Palace of Great Happiness – tức là Cung điện hạnh phúc). Sau này một am cầu nguyện nhỏ đã được xây dựng bên cạnh pháo đài để kỷ niệm chiến thắng của người Bhutan trước người Tây Tạng vào năm 1639. Pháo đài trở thành nơi cất giữ và bảo quản các vũ khí được sử dụng trong trận chiến lịch sử này.
Pháo đài Punakha có chiều dài 180m và chiều rộng khoảng 72m với tòa tháp chính (utse) cao 6 tầng.Mái vòm vàng của tòa tháp chính được xây dựng vào năm 1676 bởi Gyaltsen Tenzin Rabgye. Sau đó, các khu vực và phần đặc trưng của tòa tháp đã được thiết kế bổ sung vào những năm 1744 đến năm 1763 dưới thời trị vì của vua Desi thứ 13, Sherab Wangchuk.Dzong. Một trong những công trình vua Sherab đã đóng góp đó là bức tranh thangka lớn vẽ ngài Zhabdrung – vị kiến trúc sư vĩ đại của người Bhutan. Bức tranh này được trưng bày trong công chúng mỗi năm một lần trong lễ hội tsechu. Mái tòa tháp được làm từ vàng thau chính là món quà của Đức Dalai Lama thứ 17, Kelzang Gyatso.
Pháo đài đã được tu sửa và tân trang nhiều lần do ảnh hưởng của hỏa hoạn và thiên tai. Cụ thể là nhiều trận hỏa hoạn liên tục xảy ra vào cuối năm 1986 và trận động đất nặng nề năm 1897 đã gây ra những hư hại nghiêm trọng cho pháo đài. Đến năm 1994, vụ sụt lún hồ băng lớn trên song Pho Chhu cũng đã gây ảnh hưởng không ít tới pháo đài và việc sửa chữa những thiệt hại này vẫn còn đang tiếp tục cho tới ngày nay.
Nằm trên vị trí chiến lược tại lưu vực sông nên pháo đài Phunaka cũng được thiết kế một số chức năng giúp chống lại sự xâm lược của các thế lực bên ngoài. Các cầu thang bằng gỗ ở lối vào có độ dốc nhất định và có thể kéo lên được khi cần thiết, cánh cửa ra vào bằng gỗ có trọng lượng rất nặng và luôn được đóng kín mỗi khi trời tối.
Punakha dzong bao gồm ba sân trong (dochey) thay vì hai sân trong như các pháo đài khác. Sân trong thứ nhất (nằm ở phía Bắc) là nơi làm văn phòng chính quyền, nơi họp hành những công việc đại sự của nhà nước. Bên trong sân có ngôi chùa tháp rất lớn , phía sau đại tháp là một cây bồ đề to được coi là nơi Đức Phật xưa kiaa đã ngồi thiền định suốt hàng năm trời. Ở góc phía bên trái tu viện là nơi đặt rất nhiều bia, miếu thờ trong đó có miếu thờ Tsochen, nữ hoàng của những linh hồn loài rắn (snake spirits).
Sân trong thứ hai là khu của các tu viện, được tách biệt với sân thứ nhất bởi một tháp chính (utse). Trong sân có hai đại sảnh được xây dựng. Một đại sảnh đã từng được tướng Ugyen Wangchuck sử dụng, Tướng Ugyen Wangchuck sau này trở thành vị vua đầu tiên của Bhutan. Ông là người đã từng danh dự được ban tước hiệu hiệp sĩ danh dự của đế quốc Ấn Độ (Knight Commander of the Indian Empire) bởi sĩ quan John Claude White vào năm 1905.
Sân trong thứ ba nằm ở phía nam là một ngôi đền nơi bảo quản thi thể của hai đại terton nổi tiếng của người Bhutan đó là Pema Lingpa và Zhabdrung Ngawang Namgya. Đại terton Zhabdrung đã qua đời tại Punakha Dzong và thi thể của ông được lưu giữ tại Machey Lhakhang ( Machey nghĩa là “'sacred embalmed body': xác ướp linh thiêng). Khu đền này được tu sửa vào năm 1995 sau một vụ hỏa hoạn xảy ra vào năm 1987. Quan tài của đại terton đã được niêm phong và du khách không được phép tham quan khu quan tài này trừ hai vị Lạt ma là vua Bhutan và trụ trì tu viện (Je Khenpo). Hai vị thường đến đây để cầu nguyện trước khi bắt đầu các công việc hành chính hàng ngày của họ. Ngoài ra, người nhường ngôi cho vị vua thứ tư, tức là phụ thân của vua cũng có thể được phép vào Lhakhang.
Ở phía nam sân trong là một đại sảnh với “hàng trăm trụ cột” được xây dựng thẳng hàng ngay ngắn tạo thành một lối đi (khoảng 54 cột). Phía trong cùng đại sảnh đặt một bức tranh lớn miêu tả cuộc sống của đức Phật được thực hiện bởi druk desi thứ hai của người Bhutan. Ngoài ra du khách còn có cơ hội được ngắm những pho tượng Đức Phật, ngài Guru Rinpoche và Zhabdrung được hoàn thành từ giữa thế kỷ 18. (At the south end is the 'hundred-pillar' assembly hall (which actually has only 54 pillars). The exceptional murals, which were commissioned by the second druk desi , depict the life of Buddha. The massive gold statues of the Buddha, Guru Rinpoche and the Zhabdrung date back to the mid-18th century, and there are some fine gold panels on the pillars.
Thứ mà người Bhutan trân trọng như kho báu đó chính là Rangjung Kharsapani, bức tranh thangka mô tả hình ảnh Bồ tát từ bi (Chenresig ) được cất giữ tại Tse Lhakhang của tháp chính tại Punakha Dzong. Bức thangka được mang về Bhutan từ Tây Tạng bởi đại terton Zhabdrung và là biểu tượng tôn kính được trưng bày trong lễ hội domchoe ở Phunakha.
Sau khi rời khỏi dzong về phía bắc, du khách có thể thăm dzong chung và thỉnh cầu nguyện ước của mình trước đức phật Sakyamuni. Dzong chung là khu đền đánh dấu di tích lịch sử của các dzong, Khu này còn có môt chùa tháp lớn (chorten) dùng làm nơi hỏa táng người chết của người dân địa phương. Đi xa về phía đông là nơi tọa lạc của cung điện hoàng gia nguy nga, tráng lệ.