Pháo đài Jesus, Mombasa do người Bồ Đào Nha xây dựng trong giai đoạn 1593-1596 để bảo vệ cảng Mombasa, một cảng nằm ở thành phố cùng tên. Trong thời kỳ tiền - hiện đại, Mombasa là một trung tâm quan trọng cho việc buôn bán các loại gia vị, vàng, và ngà voi. Thành phố đã có giao thương tận Ấn Độ và Trung Quốc và theo sử truyền miệng. Trong suốt những năm đầu thời kỳ hiện đại, Mombasa là một điểm nút quan trọng trong mạng lưới kinh doanh phức tạp ở khu vực Ấn Độ Dương, xuất khẩu quan trọng của nó là ngà voi, kê, sesamum và dừa.

Trong thời kỳ thuộc địa trước cuối năm (cuối thế kỷ 19), nó là thủ đô của một xã hội đồn điền, phụ thuộc vào lao động nô lệ nhưng hoạt động xuất khẩu ngà voi vẫn còn là một nguồn chính mang lại sự thịnh vượng kinh tế. Mombasa trở thành thành phố cảng lớn của thực dân Kenya trong thời Trung cổ và được sử dụng trong các mục đích thương mại với các thành phố cảng châu Phi khác, Ba Tư, các thương nhân Ả Rập, Yemen Ấn Độ và Trung Quốc.

Pháo đài Jesus được xây dựng theo các thiết kế của kiến trúc sư người Ý, Giovanni Battista Cairati. Phần ngoài cùng của pháo đài và hình dáng của nó mô phỏng lại các ý tưởng kiến trúc thời Phục hưng, trong đó nhấn mạnh tới tỉ lệ cân đối hoàn hảo và sự hài hòa về mặt hình học.
Pháo đài là một trong những công trình nổi bật và được bảo tồn rất tốt, thể hiện mô hình pháo đài quân sự Bồ Đào Nha điển hình trong thế kỷ 16.