Quá trình hình thành lịch sử lâu đời cũng như những thành tựu nghệ thuật vĩ đại của Nhật Bản được trưng bày rất chi tiết trong nhiều bảo tàng. Thật vậy, các hiện vật khảo cổ, hàng thủ công và các kiệt tác nghệ thuật trong các bảo tàng là những mô hình thu nhỏ tinh tế về những gì mà người Nhật đã trải qua và qua đó làm rạng rỡ con người và quốc gia Nhật Bản.
Có lẽ trong số các bảo tàng quốc gia lừng lẫy của Nhật Bản thì Bảo tàng Quốc gia Tokyo trong Công viên Ueno được thành lập sớm nhất, vào năm 1872. Bộ sưu tập phong phú của nơi đây đem đến cho người xem một cái nhìn tổng quát toàn diện về toàn bộ lịch sử của nghệ thuật truyền thống Nhật Bản cùng với các hiện vật lịch sử và khoa học tự nhiên.
Bảo tàng Nghệ thuật Hiện đại Quốc gia ở Tokyo trưng bày những kiệt tác nghệ thuật hiện đại tuyệt vời nhất của Nhật Bản theo trình tự thời gian.
Trung tâm Nghệ thuật Quốc gia vừa mới khai trương ở Tokyo là nơi có không gian triển lãm bộ sưu tập lớn nhất Nhật Bản.
Bảo tàng Quốc gia Kyoto ban đầu được lập ra xung quanh những bức tranh, tác phẩm điêu khắc và các kho báu của các đền thờ vùng lân cận. Hiện nay bảo tàng là nơi lưu trữ các mẫu vật điển hình về các giai đoạn của nghệ thuật Nhật Bản.
Bảo tàng Quốc gia Nara được chú ý đặc biệt bởi bộ sưu tập các tác phẩm điêu khắc về Phật giáo.
Tại Tokyo, có rất nhiều bảo tàng nghệ thuật bao gồm cả bảo tàng nghệ thuật công cộng và tư nhân. Các bảo tàng này có nhiệm vụ bảo tồn các công trình vô giá của nghệ thuật truyền thống Nhật Bản. Trong số đó, có thể liệt kê một vài bảo tàng như Bảo tàng Gotoh tự hào với bộ sưu tập “Bộ tranh truyện kể Genji” (báu vật quốc gia) và Bảo tàng Mỹ thuật Tưởng niệm Hatakeyama đặc trưng với các hiện vật về trà đạo. Hai bảo tàng này đều có vườn Nhật Bản tạo không khí thoáng đãng, thư thái và trang nhã để du khách có thể thoải mái chiêm ngưỡng tác phẩm mỹ thuật.
Ngoài ra, còn có một số bảo tàng khác cũng nên tham quan: Bảo tàng Nghệ thuật Idemitsu với bộ sưu tập thư pháp, tranh vẽ và đồ gốm Nhật Bản và Trung Quốc; Bảo tàng Nghệ thuật Suntory nổi bật với nghệ thuật tạo hình cổ xưa dựa trên lối sống truyền thống; Bảo tàng Nghệ thuật Yamatane chuyên vẽ tranh Nhật Bản hiện đại và đương đại; Bảo tàng Thủ công mỹ nghệ Dân gian Nhật Bản tập trung vào hàng thủ công sử dụng hàng ngày như đồ gốm và dệt may và Bảo tàng Nghệ thuật Tưởng niệm Ukiyoe Ota chuyên trưng bày tranh Ukiyoe.
Bên cạnh bảo tàng về mỹ nghệ truyền thống còn có các loại bảo tàng đặc biệt khác như Bảo tàng Edo Tokyo sử dụng các mô hình có quy mô lớn để tái hiện lại lịch sử và nếp sống của Tokyo, Bảo tàng Nghệ thuật Tokyo Metropolitan Teien với kiến trúc nghệ thuật thuần túy được xây dựng vào năm 1933 và chuyên tổ chức nhiều cuộc triển lãm.